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用简单的数学模型,预测新型肺炎接下来将会如何发展

中国光学 2022-08-25

The following article is from LightScienceApplications Author 沙威


(Image by Gerd Altmann from Pixabay)

撰稿人:沙威 浙江大学

新型肺炎牵动全国人民的心,各方力量都在共同努力,最终打赢这场战役指日可待。中国科研人,在基因测序、疫苗研发、病毒溯源、模型预测等领域均做出了巨大努力,我们对这种新型病毒的科学认识也不断增强。

 

作为一个计算电磁学领域的研究者,唯一能做的是科普工作,谈谈新型肺炎的简单数值模型和参数辨识(反演)方法。于是,组织团队成员合作,2天内完成了简单的数学模型。感谢安徽大学谢国大(导师黄志祥,浙大交换学生)完成了SIR/SEIR模型数值求解,徐婷(浙江大学)完成简单早期确诊病例的指数拟合,黄成念(厦门大学,即将来浙大攻博)完成数据收集,袁帅(浙江大学)和我完成参数反演。

 

1. 模型局限 

所有数理模型都有应用范围,本文谈到的模型,是传染病模型中最简单的一类。(1)模型假设是封闭系统(总人口数守恒),模型无法刻画交通流动等复杂网络问题。(2)模型采用的物理参数是时间不变的,而随着政府强力干预措施,参数实际上是时变的。(3)模型是宏观模型,无法刻画个体行为,如超级传播者等。但通过简单模型,可从动力学角度直观理解病毒传播的物理图景;并在现有官方数据基础上,对疾病传播做出科学预测。

 

2. SIR 模型 

假设感兴趣的人群总数是N,定义三类人群:易感者用S(t)表示,感染者用I(t)表示,康复者(包括死亡者)用R(t)表示。康复者有抗体,不会再被传染。无论任何时间,S(t)+I(t)+R(t)=N,即人数守恒。SIR 模型可以写成如下常微分方程组:

因为交叉乘积项IS存在,上述方程是非线性常微分方程组。把三个子方程相加,右侧等于0,即可得到人数守恒条件。β是一个极重要的参数,叫传染率。每天感染人数的增加,等于感染率(感染风险),感染者数量,易感者数量的乘积。这里因为交叉项数值很大,所以除以N,避免β太小。政府干预,口罩使用,自我在家隔离,都强烈影响βγ是另一个重要参数,叫康复率,是一个感染者从感染到治愈的平均时间(平均患病时间)的倒数。再生数α=β/γ,是指一个患者在其患病期内平均传染的人数。该模型很像光学激光器中的速率方程,其三类人群可类比成三个原子能级,传染率、康复率类比于跃迁概率,人数守恒类比于粒子数守恒。

 

上述模型只要给定初值,就可用一般的数值方法求解。这里我们采用预测校正显式方法,以第一个子方程为例,其离散化形式为:

给定参数N=25000,β=0.32,γ=1/21,I(0)=3,R(0)=0,仿真结果如下:

可以看出,发病40天后,感染者数量达到顶峰,后期逐渐下降。如果用指数坐标,画出前40天感染者的预测人数图,你会发现在30天前,其增长方式都是指数速率的,后期增长速率变低,达到峰值。

通过这个模型,对新型肺炎的早期数据,即对公布的确诊人数可以做曲线拟合,进行科学预测。以前七天确诊人数(黑点),进行数据拟合,预测后三天的数据。发现红点真实数据和黑色预测曲线,吻合良好,但略微减少。说明政府干预和市民努力起到了作用,几天后指数预测模型将失效,确诊人数增加速率放缓。

3. SEIR 模型及修正 

很多传染病,具有潜伏期。因此,需要添加一类新型人群,即潜伏者E(t)。SEIR模型其对应的常微分方程组为:

这里,κ叫潜伏率,是平均潜伏时间的倒数。但是根据新型肺炎的报道,潜伏者也可以传染病毒给易感人群,因此上述经典模型,需要被修正如下,

这里,λ是潜伏者对易感人群的传染率。

 

4. 参数辨识与反演 

根据官方报道,目前可获得的数据,是确诊者人数和康复者(包括死亡者)人数,感染者人数可用确诊人数减去康复者(包括死亡者)人数。我们需要拟合6个参数 P={ S(0), E(0), β, λ, κ, γ},即易感者初始值S(0),潜伏者初始值E(0),传染率β和λ,潜伏率κ,康复率γ。优化问题,可用最大误差最小化方法(不会造成某些拟合点误差大的问题),MATLAB优化工具箱求解。

这里,ID 和 RD 是实际公布的感染者和康复者(包括死亡者)数据。因为治愈人数太少,这里我们用相对误差作为判据。冯诺依曼说过:用四个参数我可以拟合出一头大象,而用五个参数我可以让它的鼻子晃。越多参数,让解的唯一性存疑。考虑到目前数据很少,从单纯研究和科普目的出发,只用简单SIR模型来拟合。取6天数据和7天数据,最大相对误差8.8%和10.4%,结果如下: 

可以看出,后面几天的误差明显高于前几天,说明人工干预效果显著,简单SIR模型不再适用。确诊人数悲观(6天数据)和乐观(7天数据)的数值分析如下:


感悟

新型肺炎看出人生百态,是对政府、民众、科研工作者最大的考题。第一时间公开数据信息、治疗方案、数理模型、预测结果等,是科研人最大的贡献。面对谣言和恐慌,科学分析、知识传递,也尤为重要。相信全国齐心协力,必能获得抗击新型肺炎的最终胜利。


本文所涉及的MATLAB程序和数据,仅供科研和教学使用。如有需要,请提供真实姓名和单位信息,并用单位邮箱发送至作者邮箱索取。邮箱: weisha@zju.edu.cn 




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这是中国光学发布的第1125篇,如果你觉得有意思,转发到朋友圈也能让我们对自己的努力感到值得。


☞ 本文编辑:赵阳☞ 本文来源:Light: Science & Applications声明:本文所用视频、图片、文字如涉及版权问题,请第一时间告知,我们将根据您提供的证明材料确认版权并按国家标准支付稿酬或立即删除.邮箱:zhaoyang789@ciomp.ac.cn
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